47 стран подали заявки на участие в Кубке африканских наций 2000 года, претендуя на 16 мест в финальном турнире. Первоначально Египет (действующий чемпион) и Зимбабве (хозяин турнира) получили путёвки автоматически, а остальные 45 страны разыграли 14 путёвок в двух раундах. Однако позже хозяевами финального турнира стали Гана и Нигерия, автоматически получив путёвки, а для розыгрыша осталось только 13 путёвок. Кроме того, Зимбабве лишилась своей путёвки, перестав быть хозяином турнира, а отборочный турнир уже шёл. Для разрешения этой проблемы было принято решение, что команды, занявшие вторые места в двух группах (в которых число участников за счёт новых хозяев турнира сократилось до трёх), вместе с Зимбабве сыграют дополнительный третий раунд для определения обладателя одной путёвки.
Предварительный раунд
Алжир вышел в групповой раунд.
Ангола вышла в групповой раунд.
Мали вышло в групповой раунд.
Республика Конго вышла в групповой раунд. Эфиопия отказалась от игры,
Эритрея вышла в групповой раунд.
Габон вышел в групповой раунд.
Кения вышла в групповой раунд.
Либерия вышла в групповой раунд.
Мадагаскар вышел в групповой раунд.
Маврикий вышел в групповой раунд.
Мозамбик вышел в групповой раунд.
Намибия вышла в групповой раунд. Гамбия отказалась от участия в турнире,
Сенегал вышел в групповой раунд. Мавритания отказалась от участия в турнире,
Сьерра-Леоне вышло в групповой раунд.
Бурунди вышло в групповой раунд.
Того вышло в групповой раунд.
Уганда вышла в групповой раунд.
Групповой раунд
Группа 1
Группа 2
Группа 3
Группа 4
Группа 5
Группа 6
Группа 7
Дополнительный раунд